【摘要】目的了解实施综合配套改革前后基层医疗卫生机构运行情况,总结目前实施基本医疗卫生机构综合配套改革的成功经验和主要做法,深入剖析改革中的热点、难点问题和存在的不足,为实施基本医疗卫生机构综合配套改革建立科学长效机制提出政策建议。方法问卷调查实施＂绩效考核、药品零差率、一般诊疗费＂前后渝中区12家社区卫生服务中心运行情况,深入访谈卫生局、药品配送企业、基层医疗卫生机构负责人与药剂科科长等,获取定量与定性资料。结果 2011年财政投入占机构总收入的56.70%,比2009年增长6.09%。2011年全区社区卫生服务中心业务收入比2009年增长15.69%,比2010年增长48.57%,其中医保收入占业务收入的比例从2009年的18.95%增至2010年的22.91%和2011年的37.69%;在岗职工人均工作量年增加30%左右,年平均收入2011年（3.86万元/人）较2009年（2.82万元/人）增加36.88%。辖区内连续3年次均处方费用无增长。结论基层医疗卫生机构服务效率明显提高、服务能力明显加强,新的筹资方式保障基层医疗卫生服务公益性质。针对全科医师不足、基本医疗效率较低,基本药品供销不及时等问题,建议从改革人事制度、拓宽社区卫生筹资渠道、完善基本药物制度等入手,创新管理机制,促进基层医疗卫生机构可持续健康发展。