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柯萨奇病毒A组16型病毒株VP1基因序列测定及进化分析研究
【作者】 李小平 [1] 吴亦栋 [2] 周俊 [2] 周林福 [3] 樊凯 [1] 钱苗苗 [1]
【关键词】 手足口病 柯萨奇病毒感染 柯萨奇病毒A组16型 VP1 系统进化分析
【摘要】目的 通过检测分析2015年杭州市柯萨奇病毒A组16型(CA16)病毒株VP1区核苷酸序列,掌握杭州市CA16的流行情况及种系进化关系,为手足口病的预防和治疗提供支持,同时为CA16疫苗株的选择提供依据.方法 收集2015年杭州市儿童医院256例临床资料齐全且临床诊断为手足口病患儿的粪便或咽拭子,利用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增CA16病毒株VP1区核苷酸序列(约1020 bp),测序后利用DNASTAR和Primer Premier 5.0进行序列比对分析,并用Mega 3.1软件建立检测样本VP1区序列与GenBank上CA16参考毒株VP1核苷酸序列的系统发育树.结果 共分离到80株CA16阳性病毒.序列比对分析结果显示,CA16分离株的核苷酸同源性为90.8%~100.0%,氨基酸同源性为99.5%~100.0%.系统发育树分析结果显示,17株CA16全部属于B1基因亚型,并且同时存在B1a和B1b两个进化分支,其中4株属于B1a亚型,13株属于B1b亚型.结论 2015年杭州市CA16病毒株属于B1基因亚型,与国内外某些地区手足口病病原学及分子进化研究结果一致,有望成为疫苗候选株作进一步研究.
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